ลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลาจากอดีตจนถึงปัจจุบันประสบปัญหาหลายอย่าง ไม่ว่า
ป่าต้นน้ำถูกทำลาย ตะกอนทับถม ทะเลตื้นเขิน พื้นที่กระจูดลดลง ปัญหาชุมชน สัตว์น้ำลด น้ำเสียจากชุมชน ป่าพรุถูกบุกรุก พรุแห้ง ไม่มีน้ำ ไฟไหม้รุนแรง ขาดน้ำจืดทำนา/น้ำเค็ม-ดินเปรี้ยว/จืด/เสื่อม ดินสารพิษตกค้าง ราคาข้าวตกต่ำ-ผลผลิตต่ำ ต้นทุนสูง เครื่องมือประมงหนาแน่น ทำลายสัตว์น้ำ น้ำเสียจากนากุ้ง โรงงาน ชุมชน ร่องน้ำ ปัญหาท่าเรือน้ำลึก
ผู้ที่ได้รับผลกระทบกลุ่มแรกคือชาวประมงรอบทะเลสาบ จึงไดมีการรวมตัวกับเป็นเครือข่ายภาคประชาชนและดำเนินกิจกรรมต่างเพื่อแก้ปัญหาของทะเลสาบได้แก่ การจัดทำข้อมูลการทำแผนแม่บท เป็นแนวทางเพื่อแก้ปัญหา มีการจัดตั้งศูนย์ประสานงานเครือข่ายชุมชนเพื่อการฟื้นฟูและพัฒนาลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลา มีการวางพันธกิจของเครือข่ายชุมชนเพื่อการฟื้นฟูและพัฒนาลุ่มน้ำทะเลสาบ
ในพ.ศ. 2545 ทางรัฐบาลได้สนับสนุนให้มีโครงการพัฒนาลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลา โดยมีการจัดทำแผนแม่บทและการตั้งคณะกรรมการพัฒนาลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลาเพื่อดูแลกำกับให้การดำเนินต่างๆให้อยู่ภายใต้แผนการพัฒนาซึ่งการดำเนินงานยังไม่ประสบความสำเร็จอย่างเป็นรูปธรรม อันเนื่องมาจาก ขาดการบูรณาการการดำเนินงาน ขาดหน่วยงานประสานงานการตัดสินใจดำเนินงานการพัฒนาในระดับพื้นที่ ไม่มีงบประมาณเฉพาะของโครงการและกลไกการบริหารโครงการที่ต้องขึ้นอยู่กับการเมือง สภาลุ่มน้ำทะเลสาบจึงถือกำเนิดขึ้นเพื่อชะลอปัญหาในการพัฒนา
กรมทรัพยากรน้ำ ได้ประสานให้มีโครงการพัฒนาร่วมระหว่างทะเลสาบสงขลาและโตนเลสาบ ประเทศกัมพูชา โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อส่งเสริมการเรียนรู้ ของสองทะเลสาบได้มีการดำเนินงานที่ผ่านมาคือ มีการประชุมเริ่มงาน ที่กรมทรัพยากรน้ำ กรุงเทพ ในวันที่สี่ สิงหาคม สองพันห้าร้อยห้าสิบสี่ วันที่แปด กันยายน สองพันห้าร้อยห้าสิบสี่ ประชุมที่ มอ.สางขลา วันที่หนึ่งถึงสี่ พฤศจิกายน สองพันห้าร้อยห้าสิบสี่ ทีมงาน SLB ดูงานภาคสนาม ณ โตนเลสาบ วันที่ ยี่สิบสาม ถึงยี่สิบหก มกราคม สองพันห้าร้อยห้าสิบห้า ทีมงาน TLB ดูงานภาคสนาม ณ ทะเลสาบสงขลา และวันที่ห้าถึงหก เมษายน ที่ผ่ามา ได้ประชุมสรุปงาน ที่กรมทรัพยากรน้ำที่ กรุงเทพ
ในส่วนของทะเลสาบสงขลานั้น ทางสภาลุ่มน้ำ ได้กำหนดพื้นที่ สามโซน เพื่อเป็นพื้นที่นำร่องในการพัฒนาร่วมคือ
1ชุมชนท่าหิน เป็นพื้นที่นำร่อง ในการแก้ปัญหา และพัฒนาร่วม _ใช้การท่องเที่ยวเชิงอนุรักษ์ ในการขับเคลื่อนที่จะสร้างงานในพื้นที่ สร้างจิตสำนึกร่วมในการอนุรักษ์ เห็นถึงคุณค่าของทรัพยากร และวิถีชีวิต
2การจัดการแพปลาชุมชน บ้านช่องฟืน ตำบลเกาะหมาก จากการที่สัตว์น้ำในทะเลลดลง
และอยากให้กลับมาเป็นเหมือนเดิม ได้มีการรวมกลุ่ม และทดลอง ปล่อยพันธุ์กุ้งปลา
สามเดือนเริ่มส่งผล ต่อมาก็จัดตั้งแพปลาชุมชน ลดการเอาเปรียบของผู้ค้าคนกลาง มีกองทุน ที่จะสร้างความมั่นคงให้มากขึ้น
3การแก้ปัญหาน้ำเสียของทะเลน้อย ชุมชนทะเลน้อย เป็นชุมชนใหญ่ มีบ้านเรือนติดกัน ปลูกบ้านแบบยกพื้นประมาณ 3,000 ครัวเรือน มีการถ่ายน้ำเสียจากครัวเรือน การย้อมสีกระจูดเพื่อทำผลิตภัณฑ์หัตถกรรม การแปรรูปสัตว์น้ำลงสู่ทะเลน้อยโดยตรง ไม่มีการจัดการน้ำเสียใดๆ ทำให้มีน้ำขังใต้ถุนบ้านเป็นแหล่งเพาะพันธุ์สัตว์พาหนะเชื้อโรค พืชน้ำเจริญงอกงามเร็วและมีจำนวนมากจนเกือบเต็มทะเล ในขณะที่ปริมาณโลหะหนักในตะกอนดินที่เกิดจากน้ำย้อมสีกระจูดมีค่าสูงกว่าปริมาณที่เริ่มจะส่งผลกระทบแล้ว ทั้งนี้มีความคาดหวัง ให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์การ เรียนรู้จากสองทะเลสาบ
เพื่อหารูปแบบการบริหารจัดการทรัพยากรที่เหมาะสม ให้เกิดธรรมมาภิบาลในการ บริหารทรัพยากรของลุ่มน้ำ ส่งเสริมให้ทั้งทะเลสาบสงขลาของไทยและโตนเลสาบของกัมพูชา เป็นแหล่งน้ำที่อุดมสมบูรณ์ เป็นแหล่งทำมาหากินอย่างยั่งยืนของชุมชน
จนสามารถนำไปใช้อ้างอิงเป็นตัวอย่างที่ดีสำหรับพื้นที่อื่นๆได้ต่อไป
